Sus padres Marianna y Wladyslaw eran unos humildes labradores en Okopa, un pueblo al noreste de Polonia.
Wladiyslaw Popieluszko recuerda los primeros síntomas de la vocación sacerdotal de su hijo: "Dios dirigía desde el principio sus pasos, cuando tenía solamente cinco años y falleció nuestra hija Jadwiga, de dos años. Jerzy firme y de pie se quedó mirando el cuerpo muerto de su hermana y afirmó: "Quiero ser sacerdote, rezaré mucho por ella".
La formación recibida en su casa era profundamente cristiana, a los once años le dijo a su madre que quería estudiar en el colegio de Niepokalanow, la ciudad de los franciscanos.
Alek-Jerzy admiraba a Maximiliano Kolbe, por su martirio y su mensaje: "Si deseamos permanecer libres en el espíritu, debemos vivir en la verdad". Su madre le convenció para que esperara, pues "todavía era un niño", Alek empezó a asistir diariamente a la Santa Misa ayudando como monaguillo Ya en el Seminario Jerzy se caracterizó por la normalidad y una gran confianza con los superiores En el segundo año, en 1966, fue llamado a filas en contravención de los acuerdos con la Iglesia de 1950.
El gobierno comunista pensaba que de esta manera conseguiría que un gran número de candidatos al sacerdocio renunciarían ante esta llamada al servicio militar.
Ya de vuelta al Seminario en 1968 se puso en evidencia su débil salud, fruto en parte del tratamiento recibido durante el servicio militar.
Fue hospitalizado y operado de la glándula tiroides.
El sufrimiento físico y el contacto con los enfermos dejaron una honda huella en su personalidad: era profundamente sensible a las necesidades, dolores y sufrimientos ajenos.
El rector del Seminario lo recuerda como un chico callado y tranquilo que se llevaba bien con todos y su trato era abierto y confiado, no imponía sus criterios. En el estudio era aplicado, pero no brillaba por grandes dotes intelectuales ....
Antes de la ordenación sacerdotal decidió cambiar de nombre: Alek por Jerzy (Jorge).
La ordenación la recibió de manos del Cardenal Stefan Wyszyriski el 28 de Mayo de 1972.
En la homilía el primado de Polonia dijo: "Vais a encontraros con una ardua labor en la que habrá que poner mucho esfuerzo, entrega y sacrificio. Vuestra vida no va a ser fácil". Popieluszko no se dio cuenta de que las palabras proféticas del primado se iban a cumplir literalmente en su propia vida.
La esperanza en Dios era su fuerza para vencer todas las dificultades y así se puso de manifiesto en sus Misas, para él la Misa era el centro de toda su vida sacerdotal, sufría con el pueblo y sentía vivamente los lazos de fraternidad y de libertad por la que luchaba y por lo que se convirtió en un sacerdote "vigilado" por las autoridades del lugar.