Como siempre, el sacerdote hizo una llamada a la paz y al perdón, a no dejarse provocar, a vencer el mal con abundancia de bien.
En el camino de vuelta, tres agentes del Ministerio del Interior le detuvieron en la carretera. Le apalearon brutalmente y le echaron al río Vistula.
El chofer consiguió escapar, dio la noticia esa misma noche y reconoció a los culpables. El cadáver sería encontrado diez días después. Según las últimas investigaciones, todo el juicio posterior fue una farsa, una sarta de mentiras.
Pero el mundo entero sabe quién mató a Popieluszko: el sistema comunista.
Desde su muerte más de 18 millones de personas han peregrinado a su tumba, situada junto a la Iglesia de San Estanislao de Kostka, en Varsovia. El14 de Junio de 1987, S.S. Juan Pablo II fue a su tumba.
Permaneció un buen rato en oración de rodillas, acompañado por los padres de Popieluszko.
"Mujer nos has dado un gran hijo" dijo a Marianna.
"Santo Padre, yo no lo he dado, sino que Dios lo ha dado al mundo a través de mi". El Papa la besó en la cabeza y después abrazó fuertemente al padre. La madre nacida como Juan Pablo 11 en 1920 tuvo entonces la profunda convicción de que vería la beatificación de su hijo sacerdote. Y allí estuvo, el 06 de Junio de este año, en la Plaza de Pilsudski (o de la Victoria) en Varsovia. En el mismo lugar en que, el 03 de Junio de 1979, Popieluszko anotó unas palabras que acababa de escuchar al Papa: "¡Espíritu Santo, renueva la faz de la tierra, renueva los corazones!"
El momento más conmovedor de la ceremonia de beatificación tuvo lugar cuando la madre del mártir, Marianna Popieluszko, dirigió el rezo de una decena del Rosario, al final de la cual los asistentes a la ceremonia rompieron en aplausos.
El arzobispo de Varsovia, Kazimierz Nycz, también tuvo para ella unas palabras: "querida madre de Jerzy, gracias por tu hijo, sacerdote y mártir".